O Nuclei executa templates YAML que descrevem uma requisição e a resposta que comprova a vulnerabilidade. Seu valor está na biblioteca de templates da comunidade e na velocidade: uma passagem completa leva segundos, o que o torna viável como gate de CI e não só como auditoria pontual.
A limitação é a mesma que a força: ele encontra o que um template descreve. Algo específico de framework, como um mark_safe() do Django sobre entrada do usuário, exige um template escrito para isso ou outra ferramenta.